Faz tempo que não mexo na IDE do Arduino, mas se não houver uma opção de leitura da memória flash, isso so poderá ser feito com um programador especifico como o stk500 da Atmel, além de dois outros problemas:
O conteudo que será retornado do Arduino será um binário ou seja arquivos executaveis que no maximo irão virar instruções em assembly com o uso de um bom programa de disassembly.
Outro problema, a leitura irá retornar somente zeros, se o programador protegeu o acesso a flash.