Criar um intervalo de 3 dias no arduino sem interromper o programa

Boa tarde! Estou desenvolvendo um projeto pára o meu TCC da faculdade, mas me deparei com um probleminha. 
O projeto - Preciso que um processo de filtração atue quando chover, e que este processo só volte a acontecer após 3 dias.
Porém esta é só uma fase do sistema, e o processo não pode parar esperando estes 3 dias passarem (preciso de um contador que fique contando, enquanto o arduino continua executando os loops e funções normalmente)
Alguém poderia me ajudar? Grato!!!

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Entendi Weider! Excelente explicação

Cheou meu RTC e já implementei a programação digital (lógica sem tempos). agora estou trabalhando no desenvolvimento desta lógica de tempo, só precisaria de um programa parecido para se basear. Tipo, ligar um led após x minutos de um sensor ser atuado, se eu tivesse um exemplo me ajudaria muito. Vou tentar fazer com o millis() e com o RTC.

OBS. Qual a melhor biblioteca de RTC que vcs acham? a mais simples de se trabalhar?

Boa tarde!
estou de volta, criei parte da IDE, esta é a parte lógica, não consegui realizar uma lógica com o millis() que consiga liberar o sistema para abastecimento apenas após 3 dias do momento que o tanque esvazia. Segue em pastebin o arquivo para que vcs possam dar uma olhada e possivelmente me dar uma força

http://pastebin.com/tu4cThRF

agradeço muito a ajuda de todos!

Use um RTC DS3231 (boa precisão no relógio) que tem dois alarmes. 

http://datasheets.maximintegrated.com/en/ds/DS3231.pdf

O pino INT/SQW é usado para disparar uma interrupção no Arduino, quando o alarme for acionado.

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