1) Posso utilizar as mesmas 4 portas digitais para fazer a seleção de 2 ou 3 CD74HC4067?
As portas S0 a S4 servem para endereçamento das portas analógicas. Você poderá usar essas mesmas portas para endereçar outro 74HC4067. Você não informou como vai conectar a porta comum dos chips. Mas poderá habilitar um chip de cada vez, através do pino -E (enable). Ou os três chips se as portas comuns estiverem separadas.
2) Posso utilizar este componente para expandir portas PWM ?
Se precisar usar uma porta de saida de cada vez, pode. Mas se precisar usar mais de uma ao mesmo tempo, não.