Quando o arduino enviar o sinal, enviará para os 2 ao mesmo tempo, então os aparelhos que tem nos ambientes devem ser de modelos diferentes para que não liguem ao mesmo tempo com o mesmo sinal.
A programação é a mesma.... como o sinal será enviado para todos os LEDs, podendo ser 2 ou mais... aquele aparelho que reconhecer o seu sinal IR irá executar a ação...
Para o Receptor funciona da mesma maneira... ligue na mesma porta.
Ai você separa a ação por sinal diferente dentro do código Arduino.