Existe a possibilidade de fazer o caminho inverso do uploading de programacao, ou seja, fazer o download do que ja esta armazenado dentro arduino?

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Faz tempo que não mexo na IDE do Arduino, mas se não houver uma opção de leitura da memória flash, isso so poderá ser feito com um programador especifico como o stk500 da Atmel, além de dois outros problemas:

O conteudo que será retornado do Arduino será um binário ou seja arquivos executaveis que no maximo irão virar instruções em assembly com o uso de um bom programa de disassembly.

Outro problema, a leitura irá retornar somente zeros, se o programador protegeu o acesso a flash.

Abs.

E ainda tem a biblioteca do Arduino, que é o que permite programar o Atmega em um código de nível mais alto, sendo compilada pelo GCC p/ AVR.

Pra quem não está acostumado a programar AVR em ASM, eu não vejo viabilidade.

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