Após alguma pesquisa na internet , não encontrei a forma de poder fazer download do programa que está no arduino para o PC. Ao contrário existe o software próprio do arduino mas como saber que programa está inserido no microcotrolador? Existe algum software que faça isso? que comunique com o arduino e "saque" o programa que ele tem lá dentro?
Com o próprio avrdude você pode ler o programa gravado no microcontrolador, isso se o código não estiver bloqueado para leitura. No entanto, a menos que você entenda a estrutura da linguagem Assembly, o máximo que dá pra fazer com esse código é regravá-lo em outro microcontrolador do mesmo tipo, fazendo uma clonagem do programa.