Galera, fiz um tutorial de como usar o Makefile para compilar Arduíno no Ubuntu. Com isso dá pra se libertar da IDE padrão, programar orientado a objeto com classes e cabeçalhos organizados em arquivos separados, reutilizar codigo.. Um monte de coisa! Inclusive, quem quiser usar isso pra programar sem usar a biblioteca Arduino, pode também! Só usar a avr/io no lugar :)