Se você está fazendo o upload do sketch pela USB, as opções do programador serão ignoradas e o programa será carregado na memória flash via bootloader.
Ou seja, não precisa se preocupar com o programador.
Se você não está usando a USB e deseja carregar seu sketch de outra forma (ISP) por exemplo, então escolha o tipo de programador externo que vai usar.
Nesse caso deve fazer o upload pela opção "carregar usando programador" do menu sketch