Estive tentando Seguir os passos do tutorial para o Link Serial com o Arduino e o módulo XBEE. no entanto quando eu coloco o Arduino mega, já com o Shield ( V03 ) e o módulo XBEE (S1) na USB no PC e na outra USB o XBEE explorer com outro módulo, o X-CTU não reconhece uma das duas Portas Seriais. Ele reconhece uma na COM 7 (para o meu caso é a que esta conectada o XBEE explorer com o módulo) e na outra ele Aparece o Arduino Mega, sem reconhecer o XBEE Shield.
Cara, a versão do Xbee shield que você utiliza tem jampers ? se sim vê se não é a posição deles.
Outra coisa, não sei se pode se o caso, para ter acesso aos modulos xbee pela shiel, tem que retirar o atmega, senão ele só vê o arduino e não dá acesso aos xbee para configuração e certos trabalhos.