Cara, não tenho 100% de certeza pratica, mas se não me engano, o regulador 7805 do arduino não aceita muito bem que você entre diretamente com 5V nele, logo, pra ligar no arduino teria que utilizar uma fonte a partir de 6V.
Logo, a diferença seria que se você utilizar 5V terá que utilizar a entrada VIN enquanto se for alimentar por 12v utilizará o conector de alimentação padrão.
A diferença seria o maior aquecimento do regulador de tensão da placa, já que sobre este cairia uma tensão maior e consequentemente haveria mais calor para dissipar.
Veja este link e tire todas suas duvidas, http://www.embarcados.com.br/arduino-uno/ caso ainda tenha depois de ver isso, poste aqui, caso lhe seja suficiente, favor mude o titulo do seu tópico colocando a palavra RESOLVIDO antes do titulo que tem agora, desta forma estará ajudando a outros que tenham a mesma duvida.