Uso Fedora 16, mas não tive problemas para utilizar o arduino, apenas instalei o pacote via YUM,
"yum install arduino" (instala os drivers, compiladores, etc. O necessário para usar o arduino no PC.)
Ja que você usa ubunto, tenta executar o comando "apt-get install arduino", para instalar esse pacote.
Se não funcionar, posta melhores detalhes sobre o teu problema(erro de comunicação, o linux não reconhece, aparece algum erro,...) assim podemos ajudar melhor.
Eu uso Ubuntu 12.04 também cara.
Seguinte, vai na central de programas, e procura la Arduino
e baixa o Arduino IDE.
Eu uso aqui e geralmente ele detecta a porta sozinho