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Software para contagem de leucócitos

Garagista Bruno Dias Rosa

Garagista e veterinária Tiemi

Unindo os conhecimentos em veterinária da garagista Tiemi com os conhecimentos de programação do garagista Bruno, uma importante ferramenta está surgindo: um software para contagem de leucócitos que virá a acrescentar grande produtividade para os laboratórios veterinários, de pesquisa e, quem sabe, de humanos.

Atualmente, devido ao alto custo e à falta de confiabilidade dos resultados gerados pelos sistemas disponíveis, a maioria dos laboratórios requerem a contagem manual dessas células para inferir valores que auxiliam a determinação do perfil imunológico do indivíduo. Tais células são detectáveis através da visualização microscópica de lâminas com sangue corado.

Exemplo de imagem a ser processada (leucócitos em meio a dezenas de hemácias)

O software que está sendo desenvolvido com o apoio do Laboratório de Garagem, se utilizará de reconhecimento de imagens para encontrar as células de interesse e fornecer a contagem automaticamente, eliminando tempo precioso desperdiçado, além de falhas humanas e tendenciosidade no caso do pesquisador, aumentando produtividade e precisão aos resultados obtidos.

O Lab de Garagem deseja sucesso ao empreendimento!

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Comentário de Marcelo Amorim Menegali em 2 março 2011 às 12:47: Nesse projeto dos leucócitos, acho que um dos problemas enfrentados vai ser o surgimento de falsos positivos. Por exemplo, se algumas células estiverem dispostas de forma que o espaço entre elas pareça um círculo (nessa figura aí de cima mesmo, já dá para ver alguns casos), o software reconhecerá o círculo, mesmo que ele não represente um leucócito. Ainda há o caso dos glóbulos vermelhos, que são circulares mas não devem ser contados.

A solução que pensei para esse problema é usar a cor média do círculo para separar os falsos positivos dos verdadeiros, pois a cor do fundo e a cor dos glóbulos vermelhos são bem diferentes da cor dos leucócitos na imagem.

Outro grande problema é o fato de várias células ficarem grudadas entre si, formando objetos não-circulares. E para essa dificuldade, não consigo ver uma solução razoável.

Comentário de Bruno em 2 março 2011 às 12:45: Enio

Muito boa a ideia, vou começar a pensar neste caso também.

Obrigado

Comentário de Enio Benatti em 2 março 2011 às 12:01: Há uma outra aplicação interessante para este software, a contagem de larvas de camarão.

Os Laboratorios de criação de larvas de camarão , que fornecem as larvas para as fazendas criadoras de camarão do nordeste brasileiro , não tem uma ferramenta como esta , para contagem das larvas , microscopicas.

Quando um fazendeiro compra um lote de larvas (que são bem carinhas !) tem que fazer uma contagem estatistica e manual do lote. Certos Laboratorios , consideram o gargalo da produção o setor de contagem de larvas. Com este software e o equipamento adequado , dá para contar automaticamente , embalar emitir etiqueta com codigo de baras , tornando o processo de medição da quantidade de larvas por embalagem totalmente automatico e seguro.

Carcinucultura no Brasil

Comentário de Bruno em 2 março 2011 às 9:39: Marcelo

Bem legal a biblioteca, baixei ela e vou instalar a versão do VS 2008.

Obrigado pela dica.

Abraços

Comentário de Guilherme em 1 março 2011 às 19:54: Impressionante...

Galera,também estou me voltando para processamento de imagens,algo com o kernel do linux,programado direto na maquina em uma interface autonoma.....

Então é muito legal saber que os amigos do LaB também estão trabalhando em projetos de processamento de video/imagen...No meu caso o produto final de minha pesquisa terá de ser processamento de video,o que é difícil e pode enfrentar diversas limitações,se alguém puder compartilhar coisas sobre programação em processamento de imagens como nosso amigo Marcelo Amorim seria muito massa...

Enfim este projeto esta demais.....só faltam os ratinhos.... hehehehhehehahahha

valeu galera

Comentário de Marcelo Amorim Menegali em 1 março 2011 às 19:38: Gosto muito de projetos nessa área, então vou tentar contribuir um pouco. :)

Há alguns anos, eu trabalhei num projeto para fazer um robô autônomo que se guiava através de uma câmera, executando comandos dependendo da plaquinha que mostrávamos a ele (vídeo). Para fazer o reconhecimento dos símbolos, usamos uma biblioteca chamada OpenCV (Open Source Computer Vision Library), que já tem algumas funções que facilitam bastante essa tarefa. Existe versões dessa biblioteca para C, C++, Python e uma especial para placas GPU.

Agora, caso você queira fazer tudo no braço MESMO, achei um artigo muito interessante (mas um pouco complicado) e com resultados bem impressionantes, que usa uma técnica chamada Transformada de Hough. Segue o link.

Comentário de Bruno em 1 março 2011 às 19:10: Marcelo

Ainda nenhuma, estou trabalhando nas especificações e fazendo testes com as imagens obtidas no final de semana. Mas a principio vou precisar somente de reconhecimento de círculos, o resto quero fazer por conta.

Abraços

Comentário de Marcelo Rodrigues em 1 março 2011 às 17:11: Bruno?

Comentário de Marcelo Amorim Menegali em 1 março 2011 às 16:18: Muito interessante!

Que tecnologia/biblioteca vocês estão usando para o reconhecimento de imagens?