Retirado do Blog da Arduino:

A nova versão 1.5 da IDE do Arduino traz muitas melhorias, algumas com o suporte para o novo Arduino Due e outras para instalar mais facilmente as bibliotecas e simplificar as guias da IDE. Por enquanto essas novas características devem funcionar bem, esperamos ter bastante feedback e trabalhar novamente neste software em suas futuras versões.

Isto também se aplica às novas (experimentais) bibliotecas para o Due, em que foram adicionadas características como Host USB, reprodução de áudio, agendamento cooperativo. 

A curto prazo, se você não está usando o Due, você pode preferir continuar com o lançamento atual 1.0.x (apenas AVR) do software do Arduino; O Arduino 1.0.2 será lançado em breve. A longo prazo, porém, basearemos o software do Arduino no código da versão 1.5... Ler mais