Galera, fiz um tutorial de como usar o Makefile para compilar Arduíno no Ubuntu.
Com isso dá pra se libertar da IDE padrão, programar orientado a objeto com classes e cabeçalhos organizados em arquivos separados, reutilizar codigo.. Um monte de coisa!
Inclusive, quem quiser usar isso pra programar sem usar a biblioteca Arduino, pode também!
Só usar a avr/io no lugar :)

Como o tutorial é muito extenso, criei um blog pra postar ele, segue o link: https://eletrolitico.wordpress.com/2014/12/17/compilando-arduino-co...
Espero que gostem!

Mais organização e flexibilidade em seus projetos (y)

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