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Olá.
Quem efetivamente faz a transferencia é esse programa:
http://www.nongnu.org/avrdude/
Vc pode encapsular ele em outro. Um jeito fácil de encapsular programas é usar engines para jogos. Por ex em DarkBasic
https://www.thegamecreators.com/product/dark-basic-pro-open-source
Vc pode colocar em sua biblioteca um arquivo executável. O arquivo não aparece para o usuario, assim como as imagens internas ao jogo. É um recurso de bloqueio bem comum em jogos.
Essa linguagem não recomendo pq gera grandes executáveis e precisa do Directx instalado para rodar, mas serve de exemplo... Teste por ex se o Unity3D.com faz. Se ele fizer é otimo. Como o executável dele é composto por executável+um diretorio não sei se o exe vai aparecer nesse diretorio.
Outro caminho seria vc estudar o protocolo, que é aberto, e criar o seu proprio avrdude
Outro ainda é estudar o avrdude e personalizar o protocolo. Vai da sua necessidade, tempo e conhecimento.
Um caminho polido tb seria usar um instalador.
http://www.jrsoftware.org/isinfo.php
Com ele vc consegue gerar um executável para instalar sua atualização. Vc pode mandar ele instalar o avrdude em uma pasta temporária, rodar e depois deletar.
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