Pessoal, qual a solução adotada quando o código (.hex) é maior do que a capacidade de memória disponivel ? 

OBS> Suponha que não seja possivel diminuir o tamanho do código

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Olá.

Não repare no tamanho do arquivo .hex, ele é uma representação em texto do codigo, está em hexadecimal... Abra com o notepad para conferir.

Existe uma opção de saída binária, mas raramente é preciso.

Quando vc compila ele te fala o quanto de memória foi usado.

Se a totalidade da memória for atingida vc vai precisar otimizar o código (diminuir) ou conseguir um integrado com mais memória.

Veja a tabela:

Tem com toda quantidade de memória.

Se seu código não couber no maior tem algo errado... Possivelmente vc tem dados e não programação. Dados podem ser armazenados em memória externa (Cartão SD ou memoria serial).

Isso falando de placas Arduino. Se for falar em utilizar o integrado diretamente vc pode usar outros modelos ainda. 

Ref: http://www.robotpark.com/academy/arduino-board-comparison-51063/

Há possibilidade de armazenar o programa, em um cartão SD?

Não.

O programa só pode ser executado na memória Flash do microcontrolador.

Mas essa preocupação em geral desaparece quando vc começa a desenvolver. Verá que os programas são pequenos. As instruções do ATMega são poderosas.

Os gasto de memória para uma aplicação gráfica (PC/Smartphone) são muito maiores, acho que por isso vc está achando pouco.

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