Meu Arduino UNO R3 tem apresentando um comportamento intrigante: ele simplesmente perde sua programação após corte da energia.
Já testei tanto com alimentação externa quanto pela USB o problema é o mesmo, funciona normalmente após receber uploads dos sketchs compilados, mas se desligar-lo... Não retorna ao estado programado, ficando parado piscando seu led 3 vezes seguidas rapidamente seguido de uma pausa, intermitente.
Li em páginas estrangeiras que estas três piscadas rápidas são do bootloader.
Com garaginos e ATMEGA na protoboard funciona normalmente, então é algo entre a placa do arduino e o processador.